Horhausen liegt im Süden des Gemeindegebietes, 800 m südlich des Mains. Im Osten liegt der Horhäuser See, der über den nördlich vorbeifließenden Seebach in den Main entwässert wird. Nördlich verläuft die B 26, 400 m südlich die Autobahn A 70. Durch den Ort führt eine Gemeindestraße, die über die Staatsstraße St 2426 zur B 26 und zur A 70, Auffahrt Haßfurt (AS 10) führt. Wodurch Horhausen sehr verkehrsgünstig liegt, die Schweinfurter Innenstadt ist in nahezu 15 Minuten erreichbar.
Horhausen gehörte ab 1002 zum Besitz des Klosters Theres und verblieb dort bis zur Säkularisation im Jahre 1803. In einer kaiserlichen Urkunde Heinrich II. wird es erstmals 1023 erwähnt.
Das „alte Kapellchen“ wurde gegen Ende des 17. Jahrhunderts von einem Martin Bernhard mit seinem Sohn Karl Bernhard errichtet. Dieser kam von „Weteringen“ nach Horhausen. Es gab keinen Altar, sondern aus Stein gemeißelte Figuren des Gekreuzigten, der Hl. Jungfrau Maria und des Apostels Johannes. Diese Bildnisse sind jetzt in der Außenmauer der heutigen St. Borromäus-Kirche eingelassen und wurden vom Stifter der Kapelle aus seiner Heimat mitgebracht. Die Kapelle fasste höchstens 15 bis 20 Gläubige, die Vorderseite war offen und mit hölzernen Schranken geschlossen.
Die zur Pfarrei Obertheres gehörende Filialkirche St. Borromäus wurde 1773–1774 vom Thereser Abt Bernhard Breunig unter der Bauleitung von Pater Gallus Hahn vom Kloster Theres errichtet. Die Erlaubnis zum Bau dieser Kirche wurde unter der Bedingung erteilt, „dass sie zu keiner Zeit und auf keinerlei Weise das Vorrecht des Klosters, der Marienkapelle Obertheres, oder des Oberthereser Pfarrherrn beeinträchtige“. Der Bau kostete 1165 Gulden fränkischer Währung, die Uhr 56 fl., zwei Glöckchen 95 fl., Altar, Bänke usw. 99 fl., Paramente und das heilige Gerät 99 fl. Zur Kostendeckung der neuen Kirche wurden auch die ca. 1200 Gulden herangezogen, die das alte Kapellchen noch einbrachte. Den Rest trugen verschiedene Wohltäter bei. Das Kloster Theres stellte zu Beginn leihweise einen silbernen Kelch zur Verfügung. Über dem Ostportal der im Rokokostil gehaltenen Kirche prangt das Wappen der Abtei Theres. Das weiße (1753) und das rote Kreuz stammen aus den Zeiten des Klosters Theres.
Am 1. Januar 1974 wurde Horhausen im Zuge der bayerischen Gebietsreform in die Gemeinde Obertheres eingegliedert, die wiederum 1978 mit den Nachbargemeinden zur Gemeinde Theres zusammengefasst wurde.
