Das Straßendorf liegt im nordöstlichen Teil des Landkreises im Weisachgrund. Durch den Ort führt die Bundesstraße 279 von Breitengüßbach nach Bad Neustadt an der Saale. Weitere Straßen verbinden Junkersdorf mit Altenstein und Rabelsdorf.
Das Straßendorf liegt im nordöstlichen Teil des Landkreises im Weisachgrund. Durch den Ort führt die Bundesstraße 279 von Breitengüßbach nach Bad Neustadt an der Saale. Weitere Straßen verbinden Junkersdorf mit Altenstein und Rabelsdorf.