Das Kirchdorf liegt im nordöstlichen Teil des Landkreises Haßberge im Weisachgrund. Durch den Ort führt die Bundesstraße 279 von Breitengüßbach nach Bad Neustadt an der Saale. Eine Straße verbindet Pfaffendorf mit Altenstein.
Das Kirchdorf liegt im nordöstlichen Teil des Landkreises Haßberge im Weisachgrund. Durch den Ort führt die Bundesstraße 279 von Breitengüßbach nach Bad Neustadt an der Saale. Eine Straße verbindet Pfaffendorf mit Altenstein.